民國四年八月台南七股地區漁業販製冰業者，成立「佳里漁業者信用販賣購買利用組合」。民國十四年九月，台南州北門庄蚵寮、渡字頭 字雙春、溪底寮字三寮灣等地區漁民，依據民國十三年台灣總督府所公布之漁業組合令，成立「王爺港漁業組合」，會址設在北門庄北門蚵寮 421番地。

民國十五年十二月，北門郡將軍在大字出子腳字馬沙溝及大字口寮字青鯤鯓地區漁民，也成立「青山港漁業組合」，會址在將軍庄 山子腳 1，135。

民國二十九年王爺港漁業組合改制為漁業協同組合，「佳里漁業販賣者組合」改為「七股信用販賣組合」，民國三十三年，依 水產業團體法，各漁業協同組合均改為漁業會。 

光復後漁會改組，台南縣內設北門、將軍、七股等鄉漁會，民國四十四年各級漁會改進，本縣漁會合併為北門區漁會，會址設於佳里鎮新 生路24號。

民國四十七年十一月又將北門區漁會劃分成立將軍區漁會、七股區漁會及北門區漁會。民國六十年將軍區漁會劃分為青山港及將軍 港兩區漁會。 

民國六十五年四月，公布「台灣省區漁會合併方案」，台南縣之北門、青山港、將軍港及七股四個區漁會合併組織成一個南縣區漁會，會 所設於佳里，前於原各區漁會所在地設立辦事處，服務漁民。 

本會轄區涵蓋全台南縣全線，海岸線綿延三十六公里，北起八掌溪與嘉義縣接壤，南至曾文溪與台南市毗鄰，沿線經過北門、將軍、七股 等三個鄉，綿長的海岸及遼闊的海埔新生地，是上蒼賦與本縣漁撈業及養殖業得以蓬勃發展的有利條件。